Mega Man X4

Cốt truyện có đôi chút khác biệt tùy thuộc vào việc người chơi chọn X hay Zero. Mega Man X4 diễn ra vào một năm mơ hồ trong thế kỷ 22 (21XX), nơi con người cùng tồn tại với những người máy thông minh được gọi là "Reploids". Sau thất bại thứ ba của Sigma, một nhóm Maverick Hunting thứ hai đã xuất hiện. Đội quân, được gọi là "Repliforce", là một chế độ quân sự do Tướng Reploid khổng lồ và chỉ huy thứ hai của ông ta, Đại tá lãnh đạo. Đằng sau hậu trường, Sigma đã cố gắng thuyết phục Tướng rằng Thợ săn rất nguy hiểm và sẽ chống lại ông ta. Tướng đuổi Sigma đi vì không muốn phản bội loài người. Trong khi đó, Zero bị ám ảnh bởi cơn ác mộng tái diễn: một nhân vật bí ẩn đánh thức anh ta, gọi anh ta là "kiệt tác", sau đó ra lệnh cho anh ta tiêu diệt một mục tiêu không xác định.

Sky Lagoon, một thành phố nổi khổng lồ, bị ném xuống thành phố bên dưới, giết chết vô số người và Reploid. X hoặc Zero được cử đi để điều tra nguyên nhân có thể gây ra thảm họa, chỉ để bị vướng vào cuộc đấu tranh để cứu thế giới. Tại địa điểm rơi máy bay, X và Zero chạm trán với Đại tá, và cố gắng đưa ông ta trở lại Trụ sở Maverick Hunter để điều tra. Đại tá phủ nhận sự liên quan của Repliforce trong vụ phá hủy Sky Lagoon, và từ chối giải giáp vì lòng tự hào. Zero cũng giải cứu Iris, người em gái tốt bụng của Đại tá, người đã bị cuốn vào cuộc hỗn loạn nhưng không bị thương, và gửi cô ấy đến trụ sở. Do đó, Repliforce bắt đầu một phong trào đòi độc lập khỏi chính phủ loài người và tạo ra một quốc gia chỉ dành cho Reploids.

Trở lại trụ sở, X được một Hunter tân binh tên là Double chào đón, trong khi Zero gặp Iris. Double và Iris phác thảo vị trí của các thủ lĩnh Reploid đã tuyên thệ trung thành với Repliforce, cũng như Mavericks không liên kết với Repliforce đang gieo rắc hỗn loạn. Sau khi bốn trong số tám Mavericks bị đánh bại, Đại tá đưa ra lời thách đấu với X và Zero, anh ta hoặc là trốn thoát sau khi đánh bại (X) hoặc bị ngăn chặn bởi sự can thiệp của Iris (Zero). Sau khi đánh bại cả tám Maverick, X và Zero được đưa đến một cảng vũ trụ nơi Đại tá canh gác vụ phóng của Repliforce vào không gian; Đại tá chết sau một trận chiến sau đó. X và Zero xâm nhập vào trạm vũ trụ của Repliforce, được gọi là Vũ khí cuối cùng, có khả năng hủy diệt mọi sự sống của con người trên Trái đất. X phải chiến đấu với Double, người được tiết lộ là một điệp viên hai mang được cử đến để lấy thông tin từ Hunters. Zero buộc phải chiến đấu với Iris, người đang bị giằng xé giữa lý tưởng của anh trai mình và tình cảm của cô dành cho Zero. Zero giết Iris trong cuộc đối đầu, khiến anh ta suy sụp trong một cuộc khủng hoảng hiện sinh, khi anh ta đặt câu hỏi về lý tưởng và động cơ của mình. Sau khi Double, Iris và General bị đánh bại, Sigma tiết lộ rằng anh ta đã gây ra vụ tai nạn Sky Lagoon để kích động xung đột giữa Maverick Hunters và Repliforce, và tuyên bố ý định xóa sổ loài người. Ngoài ra trong kịch bản của Zero, Sigma nhắc Zero về thời điểm Sigma lãnh đạo Maverick Hunters và về một trận chiến ác liệt giữa hai người kết thúc bằng việc Zero bị bắt giữ vì là một Maverick. Cuối cùng, Sigma bị tiêu diệt, nhưng tiết lộ rằng anh ta đã kích hoạt Vũ khí cuối cùng. Sau đó, Tướng quân xuất hiện và hy sinh bản thân để phá hủy Vũ khí cuối cùng, cho phép X và Zero trốn thoát và trở về Trái đất.

Trong đoạn kết của X, anh ta nghĩ lại về những trận chiến mà anh ta đã phải chịu đựng. Zero liên lạc với X và bảo anh ta trở về Trái đất để nghỉ ngơi. X cầu xin Zero hứa sẽ chăm sóc anh ta, nếu anh ta trở thành một Maverick. Zero bảo X không được có những suy nghĩ như vậy. Trong đoạn kết của Zero, anh ta đau khổ và tội lỗi vì không thể cứu bất kỳ thành viên nào của Repliforce, và trở nên đau khổ vì cái chết của Iris. Sau đó, anh ta tự hỏi liệu tất cả Reploid có phải đều được định sẵn để trở thành Maverick hay không.